Por comentar algo en plan cuñado:
Vete a la pata 21 del 8086/88 con el voltimetro y mide cuando enciendas el ordenador.
Es la señal de RESET.
Si ves que cambia de estado de 0 a +5V (y creo que luego se tiene que mantener a 0) en el arranque, tiene un biestable en el circuito de RESET.
Si por el contrario, ves que la tensión van subiendo poco a poco... es que tiene un circuito RC para el reset y quizás no llegue a HIGH a tiempo para todos los componentes. (No todos tienen el HIGH a la misma tensión y si la rampa es lenta, de ahí el cuelgue inicial) ¿Culpable? Pienso que el condensador del circuito de RESET que se encarga del tiempo de reset en el arranque. ¿Donde está? No lo se, pero debería ser electrolítico.

Lo del tiempo de arranque no se me ocurre. Solo que esté buscando unidades que no están conectadas. (unidades floppy incluidas)
¿Lo estás arrancando con los floppys conectados? (El HD ya me has dicho que lo has deshabilitado desde la placa)
No se me ocurre nada más. A no ser que tenga restos de mosquito. XD