Si unas veces funciona y otras no: ¿Pones en la placa el mismo chip que estaba en esa placa u otro? Con el mismo, debería funcionar siempre. Si no funciona es porque la ñapa está mal hecha o porque al soldar has aplicado demasiado calor o demasiado tiempo y el chip se ha estropeado.
Si es otro, ten en cuenta que el DS1287 tiene un pin NC que en la variante DS1287A es CLR. Por tanto, intercambiar la variante normal con la "A" puede dar problemas. El DS12887 (que también lo hay en variante normal y "A") tiene el doble de memoria que el DS1287. Y los "equivalentes" de otros fabricantes muchas veces no sabes si son equivalentes al DS1287 normal o al "A".
Por cierto, la variante "A", "gracias" al pin CLR, he leído que simplemente por colocarlo sobre una superficie metálica se borra el contenido. No sé si será verdad.
Sobre el corte del pin 16: Al soldar una batería externa, tienes que desconectar la interna para evitar problemas. Para lo cual basta cortar la conexión con cualquiera de los dos pines a los que está conectada. Si da lo mismo cortar el 16 o el 20, lo desconozco, pero uno hay que cortar y en todos los sitios parece que dicen el 16 (por encima del punto donde hayas soldado la batería nueva, claro). ¿Funciona sin cortarlo? Pues oye, funcionará, pero yo lo cortaría porque tener en paralelo una batería nueva con una agotada no me parece buena idea.
En este hilo puse un enlace al DataSheet y el esquema interno del DS128(8)7:
viewtopic.php?f=65&t=200030992